Ninja-Clans
Traditionsbewusst, wie sie sind, organisieren sich Ninjas nach wie vor in Clans. Jeder Clan beherrscht sein eigenes Gebiet in Neu-Neo-Tokio, die meisten haben zudem noch geheime Ausbildungsklöster im umliegenden Dschungel. Von dort aus gehen sie nicht nur ihren klassischen Tätigkeiten wie Spionage oder Meuchelmord nach, sondern steuern auch die legalen Geschäfte, mit denen sie ihre wahren Absichten tarnen. Früher waren sie dabei vorrangig im Pizzagewerbe anzutreffen. Nachdem einige Firmen dazu übergegangen waren, aus Sicherheitsgründen sämtliche Pizzerien in ihrer Nähe zu bombardieren, haben sich die Ninjas aber auch andere Geschäftsfelder erschlossen.
Trotz dieser Scharmützel mit den Zaibatsu-Corporations ist der größte Feind des Ninjas immer noch der Ninja. Jeder Clan ist mit mindestens zwei bis drei anderen Clans verfeindet, wobei die Gründe für die Feindschaft teilweise Jahrtausende zurückliegen oder bereits vollkommen vergessen wurden. Diese Feindschaften führen dazu, dass nächtliche Attentate mit giftigen Wurf-Pizzen, plötzliche Angriffe im Schutz von Rauchbomben und spektakuläre Kämpfe auf Hochhausdächern (sehr zur Freude der Touristen) alltäglich sind.
Akamachi-Clan
Die Akamachi gehören zu den kleineren Clans, wegen ihrer gut ausgebildeten Ninjas und ihres Faibles für Düfte sind sie allerdings trotzdem sehr berühmt. Bei ihren Attentaten hinterlassen sie stets eine bestimmte Duftnote und selbst ihre Rauchgranaten sind parfümiert. Der Clan betreibt in Neu-Neo-Tokio diverse Parfümerien und auch eigene Parfüm-Fabriken, die ins ganze Universum liefern.
Clanoberhaupt: Sha Dong
Clan der Schildkröte
In der Gründungsgeschichte des Clans der Schildkröte heißt es, er sei noch auf der Erde vom legendären Meister Ratte und seinen vier ursprünglichen Schülern gegründet worden, um die Menschheit vor Dämonen zu beschützen. Entsprechend sieht der Clan es bis heute als seine Pflicht an, gegen Dämonen zu kämpfen, weshalb man seine Mitglieder gelegentlich dabei beobachten kann, wie sie Luft, Regenbögen oder „besessene“ Passanten verprügeln. Trotzdem sollte man sich nicht leichtfertig mit ihnen anlegen, denn ihr geheimer und einzigartiger Schildkröten-Stil macht sie zu gefährlichen Kämpfern.
Clanoberhaupt: Yashimoto
Goemon-Ishikawa-Highschool
Die Goemon-Ishikawa-Highschool (GIH) ist der eingeschworene Feind der Hattori-Hanzo-Akademie, weil jene ihre zweitklassigen (und sonstwie störenden) Schüler bei ihr ablädt. Entsprechend verhalten sich die Schüler der GIH oftmals wie pubertierende Rotzlöffel mit der Ausbildung eines Elitemeuchelmörders, deren „Scherze“ oftmals mit schweren Verletzungen oder dem Tod des Opfers enden. Trotz dieser sozialen Probleme ist die Ausbildung derart gut (oder die Prüfung derart leicht), dass nahezu niemand durchfällt.
Clanoberhaupt: Hong Gong
Hashimara-Clan
Die Hashimara gehören zu den größten Clans, zusätzlich sind sie auch der führende Anbieter im Pizzagewerbe. Sie betreiben nicht nur Pizzafabriken, sondern auch einen Lieferservice, der sogar andere Pizzerien beliefert. Außerdem bieten sie die sehr beliebte Pizzabotenversicherung für Konkurrenzunternehmen an. Ihre Pizzaboten sind natürlich nicht nur schnelle Radfahrer, die mit ihrem BMX auch jeden Wettkampf gewinnen würden, sondern auch ausgebildete Ninjas, die vom Fahrrad aus besser kämpfen als manch anderer auf festem Boden.
Clanoberhaupt: Hashimoto
Hattori-Hanzo-Akademie
Wenn man den Werbeprospekten glauben darf, ist die Hattori-Hanzo-Akademie die elitärste Ausbildungsstätte für Ninjas überhaupt und ihre Ausbildung so hart, dass nur einer von zehn Schülern sie überlebt. Die Schule festigt diesen Ruf zusätzlich, indem sie einige der gepflegtesten und schwierigsten Golfplätze Kabukicho-Primes betreibt. Entsprechend begehrt (und teuer) sind ihre Ninjas bei vielen Auftraggebern, auch wenn in Wirklichkeit die meisten Schüler an unnötigen, wirren und vor allem rein theoretischen Ankreuztests scheitern (und anschließend quicklebendig zur Goemon-Ishikawa-Highschool wechseln). Die Akademie wird seit ihrer Gründung vom „unsterblichen“ Hattori Hanzo geleitet, da jedes Clanoberhaupt diesen Namen annimmt.
Clanoberhaupt: Hattori Hanzo
Leiser-Wind-des-Schicksals-Dojo
Der Leise Wind des Schicksals ist kein Clan im herkömmlichen Sinne, vielmehr unterrichtet er seine Schüler per Videokursen im Fernstudium. Natürlich würde sich kein echter Ninja diese Videos jemals anschauen, weshalb auch die Angehörigen dieses Clans als qualitativ minderwertige Billig-Ninjas gelten. Es ist allerdings unklar, ob dies wirklich an mangelhaften Kampfkünsten liegt oder vielmehr daran, dass dies der einzige Ninja-Clan ist, der von einer Frau geleitet wird. Die Ninjas dieses Clans arbeiten oft als Kellner auf offiziellen Anlässen und versuchen so an geheime Informationen der Oberschicht heranzukommen.
Clanoberhaupt: Zhao Xue
Ninjaturniere
Natürlich gibt es in Neu-Neo-Tokio auch Ninjaturniere, wo die verschiedenen Dojos gegeneinander antreten. Ein Turniersieg bringt nicht nur viel Geld ein, sondern auch Ruhm und Ehre, denn diese Turniere sind sowohl bei Einheimischen als auch bei Touristen äußerst beliebt. Bei gut besetzten Turnieren ist selbst die gigantische Asia Media Arena (teilweise mehrfach) ausverkauft.
Teilnehmer vom Leisen Wind des Schicksals haben gigantische Quoten, allerdings würden nur sehr unbedarfte Leute (oder Wettbetrüger) auf sie tippen, da dieses Dojo bisher bei keinem einzigen Turnier auch nur über die Vorrunde hinausgekommen ist.