Jonas Wagner ist ein machthungriger Manager in der S.I.E. Robotermanufaktur, dessen wahrer Name unbekannt ist. Er hat den Hashimara-Clan unterwandert, um an den Schlüssel für die ultimative Kampf-Technik zu kommen. Nachdem er den Schlüssel in seinem Besitz hatte, bestach er Ninjas von der Goemon-Ishikawa-Highschool, um an einen bestimmten Tag die Hattori-Hanzo-Akademie anzugreifen. Im Chaos dieses Angriffs drangen dann die ihm getreuen Hashimara in die Archive ein, um die Schriftrolle zu stehlen. Der Diebstahl gelang, das Buch sollte per Pizzaboten vom Planeten geschmuggelt werden.
Allerdings hatten die Ninjas der Hattori-Hanzo-Akademie den Diebstahl noch während des Überfalls bemerkt und daher sofort Verfolger entsandt. Dies wiederum fiel den Angreifern der Goemon-Ishikawa-Highschool auf, die natürlich glaubten, die Hattori-Hanzos würden versuchen, irgendwelche Schätze in Sicherheit zu bringen und ihnen daher folgten. In die Auseinandersetzung zwischen diesen Verfolgern gerieten die Piraten zu Beginn des Abenteuers.